偶尔一次的睡眠呼吸暂停虽然可引起体内一些短暂改变，但不会对人体的健康造成多大危害，然而夜复一夜、年复一年、其危害就不可等闲视之了。暂停导致心血管系统的高血压、肺动脉高压、肺心病、右心功能衰竭、左心功能改变、缺血性心脏病、心律失常；神经系统的脑血管病、过度嗜睡、精神及心理危害，内分泌代谢系统、血液系统，肾脏功能等危害。
⑴ 与胃食管反流关系： 夜间“烧心”、有时突然发生呛咳、喘憋而从睡眠中憋醒坐起，这多半是由于胃内的酸性物质进入食道引起损伤所致，如果反流到咽喉部或气管内可引起呛咳或哮喘发作，是患者为对抗呼吸道阻塞而用力呼吸，腹压增多，造成胃内容物反流。
⑵ 与鼻部疾患关系： 鼻腔是呼吸道的起始部分，具有温暖、湿化、过滤吸入肺内空气的作用，正常人的鼻阻力占总呼吸道阻力一半以上，当由于某种原因导致鼻道或后鼻孔狭窄时，鼻阻力会明显增高，患者白天呼吸时即自觉憋气，夜间睡眠时可出现张口呼吸、打鼾、通气不足、呼吸暂停、睡眠不好。
⑶ 与心理及精神关系：患者对注意力集中的能力、复杂问题理解能力和近期记忆力损害最为明显；警觉能力的降低也是酿成意外交通事故的原因之一；抑郁、焦虑、多疑、狂燥、易怒等精神障碍突出，这些复杂的精神表现常被误认为神经官能症而服用镇静安眠药治疗，反而加重了睡眠呼吸暂停。对受到鼾声干扰而产生报怨，对工作效率降低，男性性功能减退致夫妻不和等等都会加重患者精神症状。
⑷ 与呼吸系统疾病关系：慢性支气管炎、肺气肿统称为阻塞性肺病，患者体形肥胖、缺氧及高碳酸血症严重，易发生右心功能衰竭，另外夜间张口呼吸大量干燥的冷空气未经过鼻气道的湿化、加温直接进入肺内，因而常出现晨起咽部不适、口唇干裂、加重或诱发哮喘的发生。一些阻塞性睡眠呼吸暂停综合征患者在手术切除悬雍垂、软腭等结构以后，很大一部分出现睡眠低通气造成缺氧。
⑸ 与心脏病的关系:风湿性心脏病、扩张性心肌病、高血压心脏病患者在出现严重心功能衰竭后，睡眠时易出现睡眠呼吸暂停。医学上称为的“陈-斯呼吸”、“夜间阵发性呼吸困难”在证实睡眠呼吸暂停综合征的诊断后，都可以到相关的睡眠呼吸障碍诊疗中心就诊，会取得良好的结果。
⑹ 与心脏血管系统疾病关系：心绞痛、心肌梗死是由于心肌急性缺血、缺氧所致；睡眠呼吸暂停引起的夜间低氧血症、血压升高、心率加快、血流动力学改变都可以导致心脏缺血、缺氧，呼吸暂停加重或诱发心绞痛或心肌梗死。由于呼吸暂停引起缺氧，导致血压波动、红细胞增多、血粘稠度增加、血流缓慢都可以增加脑血栓的危险，引起中风，导致心脏停跳的可能。
⑺ 与内分泌代谢疾病关系：睡眠呼吸暂停综合征可以引起男性性功能下降、小儿生长发育受限、肢端肥大症、甲状腺功能减低、肾上腺皮质功能异常、生长激素分泌减少，睡眠呼吸暂停综合征与机体内分泌代谢功能紊乱相互影响。
⑻ 与肥胖病关系：发达国家的经验证明，一个国家由贫穷走向富庶的时期，是肥胖病的高峰期；目前肥胖已成为危害我国人民健康的主要疾病之一，与正常人相比，肥胖者心脏疾病、糖尿病、高血压、动脉粥样硬化症、脑血管病等危险性疾病明显增加，夜间出现呼吸暂停，白天引起肥胖低通气综合征。颈部脂肪沉积越多，脖子越粗都可缩小上呼吸道口径，气道更易塌陷、阻塞引起睡眠呼吸暂停。腹部脂肪沉积引起呼吸负荷增加，胸部顺应性下降、膈肌上抬，呼吸效率下降，所以许多肥胖患者稍一活动即会气喘呼呼、大汗淋漓、睡眠呼吸暂停与肥胖互相加重，形成恶性循环。
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